Construído em 1750, o Santuário da Imaculada Conceição era conhecido como Igreja de Nossa Senhora da Conceição da Lagoa e, em 8 de dezembro de 1999, a Igreja Nossa Senhora da Conceição foi elevada à categoria de Santuário, pelo Arcebispo de Florianópolis Dom Eusébio Oscar Scheid.
A Igreja sofreu muitas modificações e reparos ao longo do tempo. Em 1845, com a visita do Imperador D. Pedro II, a freguesia da Lagoa e sua Igreja receberam a quantia de 800 mil réis para pagar a custódia de prata, anteriormente encomendada. Quando o Imperador voltou do Rio Grande, já encontrou a custódia comprada e ficou “plenamente satisfeito com a obra e com o desenho”, conforme ofício do então vigário ao Presidente da Província. Uma nova visita do Imperador aconteceu em 1861. Desta vez ele presenteou o templo com dois sinos, que até hoje se encontram por lá.
Apesar de todas as transformações e sucessivas pinturas, a Igreja da Lagoa ainda constitui um bom exemplo da arquitetura
trazida pelos portugueses para terras catarinenses. As casas de arquitetura típica se encontram mais próximas à Igreja, com destaque para a antiga casa do vigário e a ladeira de pedras, obra feita pelos escravos e que dá acesso ao Largo da Igreja.
Tanto que em 1974, o então prefeito de Florianópolis, Esperidião Amin, assinou decreto tombando cinco igrejas que representavam a arquitetura portuguesa na Ilha: a Igreja de São Francisco de Assis, a Igreja de Nossa Senhora do Rosário e São Benedito, ambas no centro da cidade, a Igreja de Nossa Senhora das Necessidades, em Santo Antônio de Lisboa, a Igreja de Nossa Senhora da Lapa do Ribeirão da Ilha e a “igrejinha da Lagoa”, como é conhecida a Igreja de Nossa Senhora da Conceição. O ato de tombamento não dá nenhuma garantia de perpetuação, mas reconhece o valor artístico, cultural e histórico do monumento.
A ideia de criar um Santuário na Ilha nasceu do desejo de integrar ainda mais Florianópolis no movimento de renovação e fé durante o Grande Jubileu do ano 2000.
História do bairro Lagoa da Conceição
Em meados do século XVIII, a Corte Portuguesa determinou que a Ilha de Santa Catarina fosse colonizada para garantir sua posse. Os escolhidos foram os habitantes da Ilha de Açores, que sofriam com terremotos e superpopulação. Eles vieram entre 1748 e 1756 e foram assentados em micro regiões afastadas, cada qual com administração, igreja e polícia próprias, denominadas freguesias. A Freguesia de Nossa Senhora da Conceição da Lagoa foi a mais antiga, fundada em 1750, juntamente com Santo Antônio de Lisboa.
A região do bairro Lagoa da Conceição foi habitada primeiramente pelos Carijós, índios Tupi Guarani. Os vestígios dessa população são os sítios arqueológicos, onde foram encontrados pontas de flechas e sambaquis. As oficinas líticas, denominação dos lugares usados para fazer ferramentas, podem ser vistas nas pedras da Joaquina e da Galheta. Os índios também marcam presença em algumas heranças deixadas aos açorianos, entre elas o cultivo da mandioca e o feitio de canoa de garapuvu.
Mesmo com novos moradores vindos de outras cidades, principalmente a partir de 1980, as tradições açorianas, como a pesca e a renda de bilro, e o folclore presente nas histórias de bruxas, feiticeiras, lobisomem e boitatá, ainda fazem parte da vida dos nativos. O Terno de Reis, a Ratoeira, a Cantoria do Divino, o Pau-de-Fita e o Boi-de-Mamão são algumas das manifestações artístico-culturais preservadas. Atualmente, o Centro Cultural Bento Silvério funciona como maior propagador destas atividades, oferecendo vários cursos durante o ano.